La seconda stagione riparte dall'omicidio di Adele (Anna Ferzetti), moglie di Sebastiano (Francesco Acquaroli), da parte di Enzo Baiocchi (Adamo Dionisi), che in realtà cercava Schiavone ma che adesso si trova in fuga. Il protagonista, solo dopo averlo trovato, promette all'amico che non lo consegnerà alla Polizia ma che lascerà a lui la decisione se vendicarsi.

Ad Aosta nessuno è a conoscenza di questo patto, all’infuori di Caterina (Claudia Vismara), che cerca di sostenere Rocco a nascondere i continui spostamenti verso la città di Roma. Anche per questo, il rapporto tra i due si fa più intenso, mentre Rocco inizia ad avere sempre meno visioni di sua moglie Marina (Isabella Ragonese).

Sebastiano, inizia però a non fidarsi dell'amico poliziotto, cambiando atteggiamento: il primo deve cercare di catturare Baiocchi prima che lo faccia il secondo. A complicare la situazione, anche un nuovo fatto, che evidenzia il forte sospetto che in Commissariato ci sia un collaboratore che sta tenendo d'occhio ogni spostamento di Schiavone.

La seconda stagione mostrerà inoltre il lato più umano di Schiavone: sin dalla prima puntata, ci sarà svelato come si sono svolti i fatti durante l'omicidio di Marina, esperienza che ha cambiato la vita del protagonista.

La città di Aosta inizierà ad apparire più familiare al protagonista, complici i colleghi con cui Schiavone ha imparato a lavorare, come Italo (Ernesto D'Argenio), Deruta (Massimiliano Caprara), Casella (Gino Nardella) e Scipioni (Alberto Lo Porto).

Anche la presenza di Gabriele, un 15enne che abita nell'appartamento sopra quello del protagonista, contribuirà a smussare le spigolosità del protagonista, accogliendolo sempre più spesso in casa e occupandosene con una inaspettata paternità, visto la solitudine che il ragazzino vive sulla propria pelle.